Początki działalności Wydziału, noszącego dzisiaj nazwę: Inżynierii Środowiska i Energetyki, są ściśle związane z historią Wydziału Inżynierii, który został utworzony w 1945 r. przy Akademii Górniczej w Krakowie. W lipcu 1945 r. zrealizowano koncepcję prof. J. Stella-Sawickiego rozszerzenia Akademii Górniczej o Wydziały Politechniczne. Utworzony wówczas Wydział Inżynierii składał się z trzech Oddziałów: Lądowego, Wodnego, Geodezyjnego oraz Sekcji Kolejowej.
Ten wzorowany na schemacie organizacyjnym Politechniki Lwowskiej podział przetrwał do roku akad. 1950/51. W dniu 21 sierpnia 1953 r. zostało wydane Zarządzenie Ministra Szkolnictwa Wyższego w sprawie zmian organizacyjnych Akademii Górniczo-Hutniczej, wprowadzające między innymi w miejsce dotychczasowego Wydziału Inżynierii, dwa odrębne Wydziały: Budownictwa Lądowego i Budownictwa Wodnego. Nowo powstały Wydział Budownictwa Wodnego działał jeszcze przez rok jako jeden z czterech Wydziałów Politechnicznych Akademii Górniczo-Hutniczej, a od 1954 r., na mocy uchwały Rady Ministrów z dnia 7.07.1954 r., jako wydział Politechniki Krakowskiej. Wydział o tej nazwie przetrwał do roku 1970, kiedy to nastąpiła reorganizacja struktury Uczelni, w wyniku której powstały Instytuty, a Wydział, ze względu na znaczne rozszerzenie kierunków kształcenia, przyjął nazwę: Wydział Inżynierii Sanitarnej i Wodnej. Nazwa ta obowiązywała do października 1993 r. Od 2 listopada 1993 r. do 30 września 2019 r. Wydział nosił nazwę: Wydział Inżynierii Środowiska.
1 października 2019 r., po dwóch latach intensywnych działań przygotowawczych, nastapiło na Politechnice Krakowskiej wdrożenie nowej ustawy o szkolnictwie wyższym – zwanej powszechnie Konstytucją dla Nauki. Jednym z jej założeń było ściślejsze niż dotychczas zespolenie struktur wydziałów z dyscyplinami naukowymi zgodnymi z klasyfikacją międzynarodową. To oznaczało przekształcenie WIŚ w Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki, poprzez włączenie w strukturę wydziałową jednej z najlepszych jednostek naukowych uczelni – Instytutu Maszyn i Urządzeń Energetycznych (obecnie Katedra Energetyki).
W historii Wydziału wyróżnia się następujące okresy:
- 1945 r. do 1953 r. – działalność w ramach Oddziału Wodnego Wydziału Inżynierii Akademii Górniczej.
- 1953 r. do 1970 r. – działalność w ramach Wydziału Budownictwa Wodnego (od 1954 r. Wydział Politechniki Krakowskiej).
- Po roku akad. 1970/71 – działalność w ramach Wydziału Inżynierii Sanitarnej i Wodnej
To okres najszybszego rozwoju i umacniania pozycji Wydziału w obszarze zarówno dydaktycznym jak i naukowo-badawczym. Jednak pomimo intensywnych starań, ale trudnych z uwagi na śmierć wielu znakomitych profesorów, przyniosły one dopiero w roku 1988 uzyskanie przez Wydział praw habilitowania i znaczące wzmocnienie kondycji Wydziału.
- Od roku 1994 – działalność Wydziału o nazwie Inżynierii Środowiska
W ramach czterech instytutów, których struktura ewaluowała w czasie, aż do obecnej, zwartej, grupującej duże jednostki katedralne i zakładowe.
- Ten okres, zwłaszcza do roku 2005, wyróżniają intensywny rozwój współpracy z zagranicą, początkowo na bazie Programu Tempus, bilateralnych umów międzynarodowych a także rozwój współpracy w obszarze transferu technologii. Dotyczył on głównie obszaru wdrażania wymagań europejskiej polityki wodnej i ochrony środowiska do polskiej praktyki, w okresie akcesji naszego Kraju, czyli od roku 2000. Ponadto, w konsekwencji skutków tragicznej powodzi w 1997 roku, objął on także obszar oceny i obniżenia zagrożenia powodziowego.
- W okresie 2005-2008 ukształtowano ostatecznie zakres inżynierii środowiska jako kształcenie i badania naukowe w obszarach:
- inżynierii geotechnicznej i hydrotechniki,
- inżynierii sanitarnej oraz
- instalacji oraz urządzeń cieplnych i zdrowotnych (studia pierwszego i drugiego stopnia oraz studia doktoranckie – trzeciego stopnia).
- Od roku 2007 rozwinięto budownictwo wodne i geotechnikę (studia pierwszego stopnia) oraz ochronę środowiska (studia pierwszego stopnia).
- W roku 2011 wprowadzono kierunek gospodarka przestrzenna, związany z ograniczeniem zagrożeń naturalnych i planowaniem infrastruktury przeciwpowodziowej oraz infrastruktury wodno-ściekowej. Rozwinięto badania naukowe w ramach Programów Ramowych UE (od 2006), pozyskano środki strukturalne UE na rozwój Wydziału, które umożliwiły m. in. modernizację infrastruktury Wydziału. Dla koncentracji obszarów tematycznych badań naukowych w Politechnice Krakowskiej, w roku 2009 sformułowano Strategiczne Obszary Badawcze (SOB), w których WIS PK umiejscowiło swój podstawowy pakiet badawczy.
- Od 2019 r. Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki.
