Najwyższą władzą wydziału jest Dziekan wspomagany przez Prodziekanów – zastępców do określonych spraw (zobacz Kolegium Dziekańskie WIŚiE PK).
Dziekan kieruje wydziałem z pomocą Kolegium Wydziału, w którego skład wchodzą: dziekan, prodziekani, kierownicy katedr, kierownicy samodzielnych laboratoriów, 4 przedstawicieli profesorów i doktorów habilitowanych, 4 przedstawicieli pozostałych nauczycieli akademickich, 2 przedstawicieli pracowników niebędących nauczycielami akademickimi, przedstawiciel studentów i przedstawiciel doktorantów. W skład kolegium wchodzą także z głosem doradczym przedstawiciele związków zawodowych oraz wskazany przez dziekana przedstawiciel administracji wydziału. Kolegium wydziału opiniuje wnioski w sprawach organizacyjnych, osobowych, finansowych, dydaktycznych oraz programów kształcenia.
Na wydziale powołuje się Radę Naukową Wydziału, która obejmuje wszystkie dyscypliny wydziałowe przypisane danemu wydziałowi. Rada naukowa wydziału podejmuje decyzje w sprawach nadawania stopni naukowych, wytycza główne kierunki i tematykę badań w zakresie reprezentowanych przez nią dyscyplin naukowych. Rada naukowa wydziału aktywnie wspiera i monitoruje działalność naukową w zakresie wytyczonych kierunków i tematyki badań oraz określa szczegółowe zasady podziału środków finansowych przeznaczonych na działalność naukową wydziału. Rada naukowa wydziału proponuje Rektorowi i opiniuje kryteria okresowej oceny pracowników reprezentujących wydziałowe dyscypliny naukowe.
(oprac. na podstawie § 31, 34 i 35 Statutu PK)
Administracyjnie Wydział jest podzielony na 5 katedr, laboratorium oraz administrację wraz z dziekanatem.
Na czele katedry lub laboratorium stoi kierownik. Kierownik katedry ma jednego lub dwóch zastępców.