W historii Naszego Wydziału wyróżnić można następujące etapy:
- 1945 r. do 1953 r. – działalność w ramach Oddziału Wodnego Wydziału Inżynierii Akademii Górniczej
Początki działalności Wydziału, noszącego dzisiaj nazwę: Inżynierii Środowiska i Energetyki, są ściśle związane z historią Wydziału Inżynierii, który został utworzony w 1945 r. przy Akademii Górniczej w Krakowie. W lipcu 1945 r. zrealizowano koncepcję prof. J. Stella-Sawickiego rozszerzenia Akademii Górniczej o Wydziały Politechniczne. Utworzony wówczas Wydział Inżynierii składał się z trzech Oddziałów: Lądowego, Wodnego, Geodezyjnego oraz Sekcji Kolejowej. Ten, wzorowany na schemacie organizacyjnym Politechniki Lwowskiej, podział przetrwał do roku akad. 1950/51.
- 1953 r. do 1970 r. – Wydział Budownictwa Wodnego (od 1954 r. w ramach Politechniki Krakowskiej)
21 sierpnia 1953 r. zostało wydane Zarządzenie Ministra Szkolnictwa Wyższego w sprawie zmian organizacyjnych Akademii Górniczo-Hutniczej, wprowadzające między innymi w miejsce dotychczasowego Wydziału Inżynierii, dwa odrębne Wydziały: Budownictwa Lądowego i Budownictwa Wodnego. Nowo powstały Wydział Budownictwa Wodnego działał jeszcze przez rok jako jeden z czterech Wydziałów Politechnicznych Akademii Górniczo-Hutniczej, a od 1954 r., na mocy uchwały Rady Ministrów z dnia 7.07.1954 r., jako wydział Politechniki Krakowskiej. Wydział o tej nazwie przetrwał do roku 1970.
- 1970 r. do 1994 r. – Wydział Inżynierii Sanitarnej i Wodnej
W roku 1970 nastąpiła reorganizacja struktur Politechniki Krakowskiej, w wyniku której powstały Instytuty, a Wydział, ze względu na znaczne rozszerzenie kierunków kształcenia, przyjął nazwę: Wydział Inżynierii Sanitarnej i Wodnej. Nazwa ta obowiązywała do października 1993 r. Był to okres intensywnego rozwoju i umacniania pozycji Wydziału w obszarze zarówno dydaktycznym jak i naukowo-badawczym. Jednak pomimo intensywnych starań, ale trudnych z uwagi na śmierć wielu znakomitych profesorów, przyniosły one dopiero w roku 1988 uzyskanie przez Wydział praw habilitowania i znaczące wzmocnienie kondycji Wydziału.
- 1994 r. do 2019 r. – Wydział Inżynierii Środowiska
Od 2 listopada 1993 r. do 30 września 2019 r. Wydział nosił nazwę: Wydziału Inżynierii Środowiska. W jego strukturze funkcjonowały cztery instytuty, których struktura ewoluowała w czasie, aż do obecnej, zwartej, grupującej duże jednostki katedralne. Ten okres, zwłaszcza do roku 2005, wyróżniają intensywny rozwój współpracy z zagranicą, początkowo na bazie Programu Tempus, bilateralnych umów międzynarodowych, a także rozwój współpracy w obszarze transferu technologii. Dotyczył on głównie obszaru wdrażania wymagań europejskiej polityki wodnej i ochrony środowiska do polskiej praktyki, w okresie akcesji naszego Kraju, czyli od roku 2000. Ponadto, w konsekwencji skutków tragicznej powodzi w 1997 roku, objął on obszar oceny i obniżenia zagrożenia powodziowego.
W okresie 2005-2008 ukształtowano ostatecznie zakres inżynierii środowiska jako kształcenie i badania naukowe w obszarach: inżynierii geotechnicznej i hydrotechniki, inżynierii sanitarnej oraz instalacji oraz urządzeń cieplnych i zdrowotnych (studia pierwszego i drugiego stopnia oraz studia doktoranckie – trzeciego stopnia).
Od roku 2007 rozwinięto budownictwo wodne i geotechnikę (studia pierwszego stopnia) oraz ochronę środowiska (studia pierwszego stopnia).
W roku 2011 wprowadzono kierunek gospodarka przestrzenna, związany z ograniczeniem zagrożeń naturalnych i planowaniem infrastruktury przeciwpowodziowej oraz infrastruktury wodno-ściekowej. Rozwinięto badania naukowe w ramach Programów Ramowych UE (od 2006), pozyskano środki strukturalne UE na rozwój Wydziału, które umożliwiły m. in. modernizację infrastruktury Wydziału.
- Od 2019 r. Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki
1 października 2019 r., po dwóch latach intensywnych działań przygotowawczych, nastąpiło na Politechnice Krakowskiej wdrożenie nowej ustawy o szkolnictwie wyższym – zwanej powszechnie Konstytucją dla Nauki. Jednym z jej założeń było ściślejsze niż dotychczas zespolenie struktur wydziałów z dyscyplinami naukowymi zgodnymi z klasyfikacją międzynarodową. To oznaczało przekształcenie Wydziału Inżynierii Środowiska w Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki, poprzez włączenie w strukturę wydziałową jednej z najlepszych jednostek naukowych uczelni – Instytutu Maszyn i Urządzeń Energetycznych (obecnie Katedra Energetyki).
